Perjalanan Balai Besar Penerapan Modernisasi Pertanian (BRMP) DIY berawal dari IPPTP Yogyakarta, hasil penggabungan Laboratorium Hortikultura, Stasiun Tanah, dan Balai Informasi Pertanian Yogyakarta. Pada 13 Desember 1994, berdasarkan SK Menteri Pertanian Nomor 798/Kpts/OT.210/12/1994 kelembagaan ini berkembang menjadi BPTP Yogyakarta.

Seiring perkembangan kebijakan pembangunan pertanian, berdasarkan Peraturan Menteri Pertanian Nomor 13 Tahun 2023 tanggal 17 Januari 2023 mengenai Struktur Organisasi dan Tata Kerja Lingkup Badan Standardisasi Instrumen Pertanian, Balai Pengkajian Teknologi Pertanian (BPTP) Yogyakarta bertransformasi menjadi BPSIP DIY di bawah Badan Standardisasi Instrumen Pertanian (BSIP), dengan fokus pada penerapan standar instrumen pertanian.

Memasuki era modernisasi pertanian, pada 2025 BPSIP DIY berubah menjadi BRMP DIY di bawah Badan Perakitan dan Modernisasi Pertanian. Selanjutnya, berdasarkan Permentan Nomor 39 Tahun 2025, sejak 30 Desember 2025 BRMP DIY bertransformasi menjadi Balai Besar Penerapan Modernisasi Pertanian (BRMP) DIY sesuai dengan Peraturan Menteri Pertanian Nomor 39 Tahun 2025.

Dengan berlakunya regulasi tersebut, BRMP DIY memiliki mandat baru dalam melaksanakan koordinasi dan pelaksanaan penerapan hasil perakitan dan perekayasaan paket teknologi spesifik lokasi, serta modernisasi pertanian. Dalam melaksanakan tugas tersebut, BRMP DIY menyelenggarakan fungsi:

Penyusunan rencana program, anggaran, dan kerja sama di bidang pengembangan dan penerapan modernisasi pertanian;  

• • Penyusunan rencana program dan anggaran di  bidang penerapan hasil perakitan dan perekayasaan paket teknologi spesifik lokasi, serta modernisasi pertanian.
  • Pelaksanaan koordinasi di bidang penerapan hasil perakitan dan perekayasaan paket teknologi spesifik lokasi, serta modernisasi pertanian.
  • Pelaksanaan identifikasi dan verifikasi kebutuhan teknologi, perekayasaan, pengujian, diseminasi, penerapan paket teknologi spesifik lokasi, dan model pertanian modern.
  • Pelaksanaan pengujian, diseminasi, pengembangan  dan penerapan paket teknologi spesifik lokasi, serta model pertanian modern.
  • Pelaksanaan produksi benih/bibit sumber, sertifikasi benih/bibit, dan penilaian kesesuaian sesuai dengan ketentuan peraturan perundang-undangan.
  • Pelaksanaan fasilitasi dan pendampingan program pembangunan pertanian.
  • Pelaksanaan bimbingan teknis di bidang penerapan hasil perakitan dan perekayasaan paket teknologi spesifik lokasi, serta modernisasi pertanian.
  • Pelaksanaan pendayagunaan dan kerja sama di bidang penerapan hasil perakitan dan perekayasaan paket teknologi spesifik lokasi, serta modernisasi pertanian.
  • Pelaksanaan pemantauan, evaluasi dan pelaporan di bidang penerapan hasil perakitan dan perekayasaan paket teknologi spesifik lokasi, serta modernisasi pertanian, dan
  • Pelaksanaan urusan tata usaha dan rumah tangga Balai Besar Penerapan Modernisasi Pertanian.